離島で高校に通いながら「侵略種」の駆除を担当するハンターの少女・久瀬シイナ。
妹セツナと2人で平和に暮らしていた彼女たちだが、謎の男の襲撃によって、シイナは「魔人」を巡る運命に巻きこまれていく。